Пленум высказал, в частности, следующие правовые позиции по спорным вопросам взимания НДС:

- публично-правовые образования могут являться плательщиками налога по совершаемым ими финансово-хозяйственным операциям, если они действуют в собственных интересах в качестве самостоятельных хозяйствующих субъектов (п. 1);

- в отличие от Гражданского кодекса, НК  РФ исходит из более широкого понятия услуг, включая в них аренду, передачу и предоставление патентов, лицензий, торговых марок, авторских прав и ряд других гражданско-правовых обязательств (п. 9);

- выбытие имущества в результате независящих от налогоплательщика причин (хищение, стихийные бедствия и т.п.) не является налогооблагаемой операцией; однако налогоплательщик обязан зафиксировать факт выбытия и то обстоятельство, что имущество выбыло именно по указанным основаниям; в противном случае он должен заплатить налог по правилам, предусмотренным для безвозмездной реализации имущества (п. 10);

- распространение рекламных материалов, являющееся частью деятельности налогоплательщика по продвижению на рынке своих  товаров и услуг в целях увеличения объема продаж, НДС не облагается, если эти рекламные материалы не отвечают признакам товара, то есть имущества, предназначенного для реализации в собственном качестве; передача же товаров и предоставление услуг в рекламных целях подлежат налогообложению в случае, если расходы на приобретение (создание) единицы товаров (работ, услуг) превышают 100 рублей (п. 12);

- если в договоре между продавцом и покупателем нет прямого указания на то, что установленная в нем цена не включает в себя НДС, судам надлежит исходить из того, что предъявляемая покупателю продавцом сумма НДС входит в цену, а не добавляется к ней; НДС в  таком случае выделяется продавцом из указанной в договоре цены, для чего определяется расчетным методом (п. 17);

- если арендатор осуществляет капитальные вложения в арендованное имущество в качестве согласованной в договоре аренды формы арендной платы, он может предъявить соответствующие суммы «входного» НДС к вычету в том же порядке,  что  и сумму арендной платы; если же капитальные вложения осуществляются арендатором помимо уплаты арендодателю арендной платы, то он  вправе вычесть соответствующий им «входной» НДС в общем порядке, поскольку он должен рассматриваться в качестве лица, приобретающего товары (работы, услуги) для нужд своей хозяйственной деятельности;   в случае же компенсации арендодателем произведенных капитальных вложений соответствующие неотделимые улучшения в арендованном имуществе должны считаться переданными оплатившему их арендодателю, а принятые ранее арендатором к вычету суммы «входного» НДС предъявляются им арендодателю, то есть превращаются для арендатора в «исходящий» НДС; арендодатель же вправе либо зачесть эти суммы в качестве своего «входного» НДС, либо включить их в расходы при исчислении налога на прибыль (п. 26).