Верховный Суд разрешил ряд спорных вопросов, указав, в частности, что следует понимать под «возмещением убытков», являющимся условием применения амнистии: под этим следует понимать убытки в смысле статьи 15 ГК РФ. Реальный ущерб может быть возмещен «в натуре, в денежной форме, путем компенсации неимущественных видов вреда» (моральный вред или вред репутации организации). При этом не исключается и взыскание упущенной выгоды «посредством компенсации не полученных потерпевшим доходов» (пункт 2.5.1).
Верховный суд также указал, что если о применении амнистии возражает подсудимый, то прекращение уголовного преследования не допускается. Аналогичный порядок установлен для осужденных, в отношении которых приговор не вступил в законную силу. Но если обвинительный приговор в законную силу вступил, то суд освобождает осужденного от наказания, и его возражения не являются для суда обязательными (пункт 2.4).
